Ils sont les principaux financeurs, dans  le prolongement de l’accord du 29 janvier 2001.

La France a mis en place en 2005 l’Agence de Financement des Infrastructures de Transport de France (AFITF), chargé de coordonner le financement de grands projets d’infrastructures de transport. Une large partie de ses ressources devaient initialement être assurées par les dividendes des sociétés d’autoroutes. En 2006, leur privatisation a signé la fin de la principale ressource récurrente de l’AFITF. Depuis, le Grenelle de l’Environnement a adopté le principe de l’instauration d’une éco-redevance sur les poids lourds de plus de 3,5 tonnes sur le réseau routier national non concédée. Cette redevance d’usage qui devrait entrer en vigueur en 2012, permettra de dégager de nouvelles ressources dont le montant sera affecté à l’AFITF, et qui viendront compléter les affectations budgétaires directes de l’Etat.

L’Union européenne a engagé une politique de revitalisation du rail grâce à la création d’un réseau européen intégré, performant, compétitif et sûr. Lors du sommet d’ESSEN (en 1994), l’Union européenne a déclaré le Lyon-Turin comme l’un de ses 14 projets prioritaires. Puis en Avril 2004, dans le cadre du réseau transeuropéen de transport, le Parlement européen a confirmé l’inscription du Lyon-Turin-Ljubljana-Budapest comme l’un des 30 projets prioritaires. En 2011, la Commission adopte un  nouveau plan de financement avec un taux de cofinancement qui passe jusqu'à 40 % pour les tronçons transfrontaliers situés à un "goulet d'étranglement" oui qui franchissent des obstacles naturels.

L'Union européenne a désigné un coordonnateur européen au service du corridor pour chaque projet prioritaire. Succédant à Mme Loyola de Palacio, Laurens J. Brinkhorst veille à la cohérence globale de l’ensemble des réseaux et au respect des plannings pour le projet prioritaire n°6 Lyon-Turin-Budapest.

Partenaires des études préalables et fonctionnelles, les collectivités territoriales et en premier lieu la Région Rhône-Alpes, très engagée depuis 1991, ont le 19 mars 2007 signé un protocole d’intention de financement des accès français au Lyon-Turin, leur participation étant subordonnée à l’avancement conjoint des deux volets voyageurs et fret.
Un Comité de pilotage co-présidé par le Président de la Région Rhône-Alpes et le Préfet de Région réunit les représentants de collectivités territoriales et l’Etat pour suivre les études et travaux de la section Lyon – Sillon Alpin.